POPとIMAPは、電子メールサーバーから電子メールを受信するために使われるプロトコルです。
POP（ポップ）とは？
POPは、電子メールクライアント(例えばOutlookやThunderbird)がサーバーから電子メールをダウンロードするために使われます。Post Office Protocol（ポスト・オフィス・プロトコル）の略でPOP（ポップ）と呼ばれます。
一般的に、POPではサーバーから電子メールを受信した後、その電子メールはサーバーから削除されます。※「サーバーに残す」などの設定をしている場合はサーバーにメールが残ります。
POPを使用すると、サーバー上の電子メールをローカルコンピューターにダウンロードすることができます。
IMAP（アイマップ）とは？
IMAPは、サーバー上に電子メールを保存することができるプロトコルです。Internet Mail Access Protocol（インターネット・メール・アクセス・プロトコル）の略称でIMAP（アイマップ）と呼ばれます。
IMAPを使用すると、サーバー上のすべての電子メールをローカルコンピューターにダウンロードすることができますが、サーバー上でもその電子メールを保持することができます。いわゆる「メールサーバーとのメールの同期」のような状態になります。
IMAPを使用すると、複数のデバイスで同じ電子メールアカウントを使用することができます。
まとめ
昨今ではGmailなどを代表するIMAPの方で設定されているケースが多く見られます。どちらもそれぞれメリットデメリットがありますので、うまく使い分けて運用されるとよいかと思います。
